Charbel Malklouf  a été alors transféré au monastère de Kfeifan où il a étudié la philosophie et la théologie. Son ordination à la prêtrise a eu lieu en 1859 après quoi il a été renvoyé au monastère de St. Maron. Ses professeurs l'ont fourni avec une bonne éducation et lui ont inculqué un profond amour pour la vie monacale. Pendant ses 19 années au monastère de St. Maron, Charbel Malklouf  a exécuté son ministère sacerdotal et ses devoirs monacaux d'une manière édifiante. Il s'est consacré totalement au Christ avec un coeur non partagé à vivre en silence devant l'inconnu. En 1875 Charbel Malklouf  a eu l'autorisation pour vivre comme un ermite proche du monastère à l'ermitage St.. Pierre et Paul. Ses 23 années de la vie solitaire étaient vécues dans un esprit d'abandon total à Dieu.  Les compagnons de Charbel Malklouf  dans l'ermitage étaient les Fils de Dieu, comme rencontré dans les Saintes Ecritures et dans l'Eucharistie, et la Mère Bénie. L'Eucharistie est devenue le centre de sa vie. Il a consommé le Pain de sa Vie et a été consommé par lui. Bien que cet ermite n'avait pas de place dans le monde, le monde avait une grande place dans son coeur. Par la prière et la pénitence il s'est offert en sacrifice afin que le monde revienne à Dieu. Il est dans cette lumière qu'on voit l'importance de la prière Eucharistique suivante dans sa vie: "Père de Vérité, apercevez Votre Fils un sacrifice plaisait à Vous, acceptez cette offre de Lui qui est mort pour moi..."

Le 16 décembre 1898 en récitant la prière "Père de Vérité" à la Liturgie Sacrée, Charbel Malklouf  a souffert une attaque. Il est mort la Veille de Noël à l'âge de 70. A travers la foi cet ermite a reçu le Mot de Dieu et à travers l'amour il a continué le mystère de l'Incarnation.  Le soir de son enterrement, son supérieur a écrit: "A cause de ce qu'il fera après sa mort, je n'ai pas besoin de parler au sujet de son comportement". Quelques mois après sa mort une vive lumière a été vue entourant sa tombe. Les Supérieurs l'ont ouvert pour trouver son corps encore intact. Depuis ce jour un liquide comme le sang coule de son corps. Les experts et les docteurs sont incapables de donner des explications médicales pour l'incorruptibilité et flexibilité. En les années 1950 et 1952 sa tombe a été ouverte et son corps avait encore l'apparence d'un vivant.

L'esprit de Charbel Malklouf  vit encore dans beaucoup de gens. Ses miracles incluent de nombreuses guérisons du corps et de l'esprit. Thomas Merton, l'Ermite Américain écrit dans son journal: "Charbel Malklouf  a vécu comme un ermite au Liban. Il était un Maronite. Il est mort. Tout le monde l'a oublié. Cinquante ans plus tard son corps a été découvert non corrompu, et en peu de temps il a accompli plus de 600 miracles. Il est mon nouveau compagnon. Mon chemin a pris un nouveau tournant. Il me semble que j'étais endormi pour 9 ans... et avant cela j'étais mort."  A la fermeture du deuxième Concile du Vatican, le 5 Décembre 1965 Charbel Malklouf  a été béatifié par le Pape Paul VI qui a dit: "Un Ermite... de la montagne Libanaise est inscrit dans le nombre des bénis...un nouveau membre éminent de la sainteté monacale enrichit, par son exemple et son intercession, le peuple Chrétien entier ...Qu'il nous fasse comprendre, dans un monde largement fasciné par la richesse et le confort, la valeur primordiale de la pauvreté, la pénitence, et l'ascétisme, pour libérer l'âme dans sa montée à Dieu..."

Le 9 octobre 1977 pendant le Synode Mondial des évêques, le Pape Paul VI a canonisé le Bienheureux Charbel Malklouf  parmi les rangs des Saints.

Le 24 décembre 1998 a été le 100 ième anniversaire de la mort de Saint Charbel Malklouf .